* انتشار الذبابة البيضاء وتعدد عوائلها وما تسببه من انتشار مرض تجعد اوراق الطماطم الاصفر خاصة بالعروة النيلية والشتوية وعدم وجود زراعات طماطم في مساحات متجمعة يسهل معها الوقاية من الذبابة البيضاء .
* تداخل العروات وسهولة انتقال الاصابة من الزراعات القديمة للحديثة .
* عدم معرفة بعض الزراع بالاصناف المناسبة واحتياجات كل صنف من الاسمدة وكذلك عدم معرفة اعراض الاصابة بالامراض والافات وكيفية مقاومتها .
* عدم ظهور اعراض الاصابة بفيرس تجعد الاوراق الاصفر في اعمار مبكرة من عمر الشتلة .
* عدم وجود اصناف أو هجن تتحمل درجات الحرارة المرتفعة أو المنخفضة .
* مشاكل التسويق والتصنيع عند زيادة انتاج الطماطم .